紫外線消毒器相比其它消毒方法具備多種優勢。與化學處理方式不同的是，紫外線不會在生產用水中引入毒素或殘留物質，而且也不會改變待消毒液體的化學成分、口感、氣味或PH值。
紫外線消毒器可作為水消毒的主要方法，或作為其它水純化手段的一個補充：如碳過濾、反滲透或巴斯德殺菌法。由于紫外線消毒不會產生任何殘余，處理系統安裝的位置就是每個處理單元的末端。這樣不僅能破壞滋生的微生物，并使加工過程中污染的可能性降到。
生產用水或液體配料的典型紫外線消毒系統包括安裝在圓柱形不銹鋼腔內、帶石英保護罩的UV照燈。腔的一端注入待處理的液體，使其流經整個腔體。實際上任何液體流經處理裝置都能得到有效U消毒，包括未凈化的自來水、經過濾的生產用水、高粘度的糖漿、飲料及排放的污水。
紫外線(UV)消毒技術是一種非化學物質消毒方法，它正日益受到大眾的認可。UV能殺滅所有已知的侵蝕型微生物，包括各種細菌、病毒、酵母菌和真菌(以及它們的孢子)。該方法是一種低維護成本、非常環保的消毒技術，在確保高水平消毒效果的同時避免了消毒化學品的應用。
化學消毒方法固然在目前的水處理領域占有重要的地位，但是隨著人們對水質標準要求的提高和消毒副產物研究的不斷深入，以及紫外線消毒機理的深入揭示紫外線技術的不斷發展以及消毒裝置在設計上的日益*，紫外線消毒法成為代替傳統的化學消毒法的主要物理消毒方法之一。
消毒器可用在食品行業，就拿糖漿來說，糖漿可能是微生物最理想的滋生場所。盡管糖份含量很高的糖漿并不利于微生物的生長，但是休眠的孢子會在糖漿被稀釋后恢復活性。在加工糖漿和稀釋時進行紫外線消毒能夠確保休眠的孢子*失去活性。
